20世紀末，世界各地的天才少年組成了一個名為\"煉金之星\"的組織，其成員之一的高山我夢作為\"XIG\"的一員，靠大地給予的紅光變身成蓋亞·奧特曼后，投入了同CRISIS計算機所預測到的\"根源性毀滅招來體\"進行的誓死決戰(zhàn)中；另一方面，已脫離\"煉金之星\"的\"藤宮博也\"堅定地認為：對于地球而言，人類才是真正的癌細胞。他憑著\"藍光\"的威力，變身成與\"蓋亞\"相對立的\"藍色奧特曼--阿古茹·奧特曼\"。作為日本平成年度奧特曼三作品的壓軸戲，蓋亞·奧特曼其最大的變化在于\"蓋亞和阿古茹\"這二個敵對、且都為地球人出生的\"人類奧特曼\"的登場。當然，他倆的戰(zhàn)斗場面也屬前所未聞。同時，二人的對立觀點貫穿前半段，因此前半段貼近于連續(xù)劇。

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